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Se estiman de 5.000 a 6.000 especies de plantas superiores en todo el Área. Destacan especies como la Queñua (Polylepis racemosa triacontranda), incluyendo una especie nueva para la ciencia, la huaycha (Weinmannia microphylla), los iotavio (Weinmannia boliviensis y W. crassifolia), el nogal (Juglans boliviana), el yuraj huaycha (Miconia theaezans), los pinos de monte (Podocarpus spp.), la coca silvestre (Eugenia sp.), el aliso (Alnus acuminata), la chachacoma (Escallonia myrtilloides), las yarumas (Hesperomeles ferruginea y H. lanuginosa), el aliso colorado (Myrica pubescens), el arrayán (Randia boliviana), el limachu (Myrsine coriacea), el sauco (Sambucus peruviana), los laureles (Ocotea spp. y Nectandra spp.), el coloradillo del monte (Byrsonima indorum), la quina (Cinchona officinalis), el isigo (Tetragastris altissima), el bilka (Anadenanthera colubrina), el bibosi (Ficus spp.), el guitarrero (Didymopanax morototoni) y el bizcochelo (Miconia multiflora).
Los objetivos de creación de Madidi son los siguientes: